Mit 20 Jahren war Anna Prohaska erstmals an der Staatsoper Unter den Linden zu hören, der sie trotz ihrer internationalen Karriere weiterhin als Ensemblemitglied verbunden bleibt. Sie fiel von Anfang an durch ihr ungemein vielfältiges Repertoire auf, von Händel-Opern bis hin zu Uraufführungen, und arbeitet hier mit Dirigenten wie Daniel Barenboim oder Sir Simon Rattle. Bald wurde sie auf viele weitere große Bühnen geholt, darunter die Mailänder Scala, das Bolshoi Theater, das Royal Opera House Covent Garden oder die Pariser Oper.
Auch in den wegweisenden Konzerthäusern weltweit ist sie gefragt. Konzerte führten sie zum Cleveland Orchestra, dem NHK Symphony Orchestra, zum London Symphony Orchestra, den Wiener und den Berliner Philharmonikern oder zum Symphonieorchester des Bayerischen Rundfunks. Sie sang unter Claudio Abbado, Herbert Blomstedt, Pierre Boulez, Daniel Harding, Mariss Jansons, Yannick Nézét-Séguin oder Franz Welser-Möst.
Einen besonderen Stellenwert nimmt die Alte Musik für sie ein, häufig trat sie mit Nicolaus Harnoncourt und dem Concentus Musicus auf und arbeitet regelmäßig mit der Academy of Ancient Music, dem Freiburger Barockorchester oder der Akademie für Alte Musik Berlin zusammen.
Mit ihren thematischen Liederabenden ist sie gern gesehener Gast in Liedzentren wie der Schubertiade Schwarzenberg, der Wigmore Hall London, in Wien oder Berlin.
Bei Deutsche Grammophon brachte sie bereits zahlreiche Einspielungen heraus, für die sie mit Preisen wie dem ECHO Klassik ausgezeichnet wurde. Ihr neuestes Album Serpent & Fire: Arias for Dido and Cleopatra (im Juni bei alpha erschienen) stieg gleich ganz oben in den Klassik-Charts ein.